인도네시아 정부는 1999년 4월 21-22일 뉴욕에서의 오랜 협상 끝에 동티모르(East Timor)의 미래를 결정지을 동티모르 주민들의 국민투표 실시에 동의했다. 국민투표를 통해 결정될 선택은 동티모르가 인도네시아 연방 내에서의 자치권을 얻느냐, 인도네시아로부터 독립하느냐의 사이에서 내려져야 한다. 국민투표는 처음에 8월 8일로 잡혔다가 그 뒤 8월말로 연기되었다. 4월 22일의 결정이 내려진 이후 동티모르에서는 이전보다 더욱 격화된 폭력사태가 나타나고 있다. 국제사면위원회(Amnesty International)의 보고에 의하면, 특히 인도네시아 군부가 후원하는 일단의 민병대가 독립을 주장하는 자들에 대해 더욱 격렬히 공격하며 심지어 인권운동단체나 저널리스트와 인도주의 자원봉사자들에게도 위협을 가하고 있다.