마닐라 정부는 1998년 말 모로이슬람해방전선(Moro Islamic Liberation Front: MILF)과 협상하기를 희망한다고 발표했다. 이에 대해 MILF의 부의장인 가살리 자파르(Ghazali Jaafar)는 1998년 12월 28일 MILF가 무슬림들의 분리독립을 위한 요구를 포기하지 않을 것이라고 발표했다. MILF는 세간에 더욱 잘 알려진 모로민족해방전선(Moro National Liberation Front: MNLF)의 투쟁노선에 불만을 품은 자들이 이탈하여 1978년 결성한 조직으로, MNLF의 온건적이며 “세속적인” 행동방식 대신 더욱 이슬람의 원칙에 고수하며 과격한 투쟁을 마다하지 않는 것으로 알려져 있다.

필리핀 대통령 에스트라다(Estrada)는 이에 대해 필리핀 영토의 어떠한 부분에서도 분리독립은 불가능하며 그에 대한 논의하는 것 자체도 의미 없을 것이라고 말했다. 그리고 정부가 MILF와 다른 반란집단들과의 평화적인 협상을 재개하는 것은 어디까지나 헌법의 범위 내에서 이루어져야 한다는 것을 강조했다. 이에 앞서 MILF는 그들이 남부에서 확보하고 있다고 주장하는 46개의 기지를 필리핀 정부가 MILF의 통제 지역으로 공식적으로 인정해 줄 것을 요구한 바가 있었지만, 이 요구 역시 거부되었다.

1998년 12월 말 필리핀 국군이 발표한 보고에 따르면, MILF 게릴라의 숫자는 지난 2년간 8,200명에서 11,900명으로, 그들의 무기는 6,965 단위에서 8,240 단위로 증가했다. 양측간 휴전협정(비록 항상 지켜진 것은 아니지만)의 결과, 필리핀 정부군과 MILF 간의 무력충돌 회수는 1997년의 369로부터 1998년의 293으로 감소했다.