2003년 7월 19일 필리핀 군대와 MILF 즉 모로 이슬람해방전선 사이에 휴전이 시작되었다. 이 휴전은 무엇보다도 양측간 협상이 성공적으로 진행된 결과이다. 이 휴전으로 MILF의 지도급 인사들에 대한 구속영장이 철회되었다. 특히 양측간 평화협상이 앞으로 가능하게 되었다는 점이 중요하다.

평화협상은 5월에 이미 실패로 돌아간 적이 있었다. 그 이유는 정부측의 주장에 따르면, MILF 소속으로 판단된 자들이 2003년 3월부터 여러 폭탄테러 사건에 참가한 것으로 드러났기 때문이다. MILF 측은 정부측의 이러한 비난을 항상 부인해 왔다. 한편 폭탄테러 사건들이 필리핀 정부군에 의해 계획적으로 이루어진 것이라는 주장도 제기되었다. 예컨대 2003년 7월 27일 마닐라에서 시내 중심가를 점령하고 대통령의 하야를 요구하며 폭동을 일으킨 필리핀 장교들은 다바오(Davao)의 조선소를 겨냥한 5월의 폭탄테러가 사실은 국방장관과 비밀정보부 부장이 미국으로부터의 계속적인 군사적 지원을 정당화하기 위해 조작된 것이라고 주장했다. 그러나 이 주장의 사실 여부는 아직까지 밝혀지지 않았다.

필리핀 대통령 아로요(Arroyo)와 MILF 대변인 에이드 카발루(Eid Kabalu)는 말레이시아에서 열리게 되어 있는 양측간 평화협상의 전망을 매우 긍정적으로 평가했다. 양측은 모두 말레이시아와 미국이 이 평화협상을 지지하고 있다는 점을 강조한다. 예컨대 미국 의회는 평화의 정착을 위해 3,000만 US$를 제공하겠다고 약속했으며, 미국 정부는 MILF의 합법적인 요구사항들을 인정했다.

양측은 이미 몇 가지 점에서 서로 양보했다. MILF는 탈옥한 파투르 로만 알고지(Fathur Rohman al-Ghozi)를 체포하는 데 협력할 것을 약속했다. JI 조직에 속한 자로 추정되는 알고지는 체포되어 필리핀 감옥에 구금되어 있다가 2003년 7월 중순에 탈옥했다. 탈옥의 과정에 필리핀 군부의 고위층이 개입했다는 의혹이 제기되고 있다. MILF는 6월에 이미 3주간 휴전을 제의한 바 있었다. 이에 응하여 필리핀 정부군은 7월 초에 전선에서 일보 후퇴했다.

한편 MILF 의장인 하심 살라맛(Hashim Salamat)은 7월 13일에 심장병으로 죽었다. 살라맛은 1984년에 MILF를 비교적 온건한 기존의 MNLF(Moro National Liberation Front) 즉 모로 민족해방전선으로부터 분리된 조직으로 창설했던 인물이다. 그의 후계자는 알 하즈 무랏 에브라힘(Al Haj Murad Ebrahim)으로, 온건파 인물로 알려져 있으며, 그에 따라 차후 평화협상이 진전되는 데 기여할 것으로 보인다.