필리핀 정부와 MILF간 협정    아로요 대통령이 2002년 5월 7일 말레이시아를 방문했을 때, 말레이시아에서 필리핀 정부와 모로이슬람해방전선(MILF) 간 협정이 체결되었다. 이 협정에 따라 양측간 전투 과정에서 민다나오 섬으로 내몰린 숱한 토착 원주민들은 이제 고향으로 돌아갈 수 있게 되었다. 필리핀 정부는 그들의 파괴된 재산을 보상하며, MILF는 필리핀 정부의 지원 프로젝트가 실행에 옮겨질 수 있도록 중개역할을 할 것이다.

MILF는 처음에는 정부 보조금에 대한 통제권을 요구하여 협상이 중단될 뻔했다. 그러나 정부 측은 MILF가 돈에 대한 관할을 직접 하는 것이 아니라, 중개 기구가 하는 것에는 동의함으로써 타협을 보았다.

아로요 대통령은 MILF가 협정을 통해 그들의 옛 기지로 돌아갈 것이라는 보고를 전면 부인했다. MILF의 기지들은 에스트라다 대통령 시절 필리핀 정부군이 대부분 점령했다. 아로요는 고향으로 돌아가는 자들에는 군인들이 포함되지 않는다는 점을 분명히 했다.

이번 협정의 바탕은 양측간 2001년 6월 22일 리비아에서 체결된 평화협정이다. 양측은 말레이시아에서의 협정 체결 후 공동선언을 통해 MILF 지역에서 체류하는 범인이라도 체포하는 데 상호 협력할 것임에 동의했다.

그러나 위의 협정은 필리핀 상원과 하원의 인준을 얻어야 완전한 효력을 발휘할 수 있는 것으로, 현재의 형태로는 양측간 신뢰형성의 성격을 다분히 지니고 있다.