인도네시아 동부의 말루쿠(Maluku)에서 서로 적대적인 기독교 파와 무슬림 파의 지도자들은 2002년 2월 12일 양 종교집단간의 내전을 종식시키기 위한 협정을 체결 했다. 지난 3년간 계속된 내전으로 말루쿠 주의 도처가 황폐화되었고 최소한 1만 명이 목숨을 잃었다.

역시 기독교도와 무슬림간 종교분쟁으로 많은 파괴와 인명피해가 있었던 남부 술라웨시(Sulawesi) 지역에서도 최근 두 종교집단 간에 평화협정이 체결되어, 분쟁이 거의 가라앉았다. 인도네시아 정부는 말루쿠에서의 평화협정이 술라웨시에서의 선례를 따라 성공적인 결과를 맺기를 기대하고 있다.

말루쿠의 평화협정의 주요 내용은 다음과 같다. 양측 간 휴전을 감독하기 위한 기구로 안전 유지를 위한 위원회와 사회 및 경제업무를 위한 위원회 등 두 개의 위원회 설치, 민병대의 무장해제와 민병대 조직 자체의 금지, 공동 순찰대의 설립, 피난민들이 제 집으로 돌아갈 수 있도록 할 것, 그들의 재산 반환, 그리고 파괴된 곳의 재건설 등.

말루쿠에서는 지난 3년 간 분쟁으로 수십만 명이 제 집을 떠났으며, 주 수도인 암본(Ambon)은 전쟁으로 황폐화되었다. 전쟁은 2000년 중엽 자와 섬에서 라스카르 지하드(Laskar Jihad) 조직에 속한 수 천명의 민병대가 도착함으로 더욱 격렬한 양상으로 발전했다.

전대통령 압두라만 와히드(Wahid)는 종교분쟁이 문민정부를 반대하는 강경노선의 군부 장성들의 조작으로 일어났다고 주장했다. 말루쿠 분쟁은 어쨌든 2001년 중엽 군부의 지지를 등에 업고 있던 메가와티(Megawati)가 와히드를 대신하여 대통령이 되자 크게 잦아졌다.