2000년 6월에 파푸아(이리안 자야)의 행정수도인 자야푸라(Jayapura)에서 "파푸아 의회"는 "파푸아 지역이 과거에 인도네시아 공화국의 한 부분이 아니었던 것처럼, 앞으로도 더 이상 아니다"라고 공개적인 선언을 했다. 선언의 구체적인 내용은 다음과 같다. "서 파푸아(West Papua)는 1961년 12월 1일부터 독립국이다. 인도네시아에 의해 자행된 1963년의 영토 합병은 1969년에 유엔의 감시 하에 치러진 국민투표의 결과에 따라 국제적으로 인정되었지만, 오직 1,025명의 부족 족장들만 참가한 국민투표가 파푸아 주민들의 의견을 반영한 것이라고 볼 수 없기 때문에, 우리는 당시 인도네시아와 네덜란드와 유엔간에 행해진 결정을 거부한다".

인도네시아의 자카르타 정부는 파푸아 사람들의 이같은 일방적인 독립 선언을 인정하지 않는다. 와히드 대통령은 "파푸아 의회"가 그 지역 주민들의 다수를 대변하는 기구라고 볼 수 없으며, 인도네시아 정부가 앞으로도 파푸아에서의 질서와 안전을 유지하기 위해 노력할 것이라고 말했다.