필리핀 상원은 1999년 5월 27일 미국과 상호 "파견군 협정“(Visiting Forces Agreement: VFA)을 18:5로 비준했다. 상대방 국가에 체류하는 군인들의 법적 지위를 규정한 이 협정은 그러나 미군에게 유리하고 필리핀 군과 필리핀 사회에 불리한 것이라는 비판을 받고 있다. 협정에 따르면, 필리핀에 체류하는 미군이 필리핀에서 범죄행위를 했을 경우 필리핀 법정이 아니라 미국 법정에서 재판을 받는다. 그에 비해 필리핀 군인들은 미국에서 동일한 권리를 갖지 못한다. 필리핀의 좌익 세력은 위의 협정이 필리핀에서의 반정부 폭동 진압과 관련되어 사용될 것이라고 비난한다. 네덜란드의 우트레흐트(Utrecht)에 거하고 있는 필리핀의 공산주의 지도자인 호세 마리아 시손(Jose Maria Sison)은 VFA가 비준되면 필리핀 공산주의자들의 전위조직인 NDF가 마닐라 정부와의 평화협상을 중단할 것이라고 경고했으며, 실제로 5월 28일 NDF측에서 협상 중단을 선언했다. 가톨릭 교회측은 미군과 필리핀군에 대한 차등적인 재판권은 필리핀 국민을 2등 국민으로 전락시키는 것이라고 비판한다. 그밖에 가톨릭 교회는 협정으로 인해 필리핀 사회에 매춘이 확장될 것이라고 경고한다. 그에 반해 협정을 찬성하는 자들은 필리핀이 남사군도 지역에서 증가되는 긴장에 직면하여 더욱 강화된 군사적 보호를 필요로 하고 있다고 지적한다.