인도네시아 동쪽 끝에 있는 이리안 자야(Irian Jaya) 주는 2000년도 시작과 더불어 그 공식적 명칭이 파푸아(Papua)로 바뀌었다. 이와 함께 자카르타 정부는 파푸아의 자유파푸아기구(Free Papua Organization)의 대표들과 이 지역의 장래에 대해 대화를 할 용의가 되어 있다고 말했다. 그러나 자유파푸아기구가 그동안 요구해 온 분리독립에 대해서는 어떠한 양보도 하지 않을 것임을 분명히 밝혔다. 파푸아는 West New Guinea라는 명칭으로 네덜란드의 식민통치를 받고 있다가 1961년 12월 1일에 독립을 선포한 바가 있다. 그러나 인도네시아의 수까르노 대통령 정부는 그 선포를 인정하지 않고 1962년 초부터 군대를 투입하기 시작했다. 그 이후 협상 과정에서 미국은 네덜란드

에게 파푸아로부터 완전히 손을 떼도록 압박을 가했으며, 네덜란드는 결국 그 해 8월 15일 이 영토를 유엔에게 넘겨주었고, 유엔은 1963년 5월 1일에 5년 내 현지 주민들에게 “자유로운 선택을 할 권리”를 줄 것을 조건으로 인도네시아에게 이양했다. 그러나 자카르타 정부는 그것을 무시하고 파푸아를 인도네시아의 26번째 주로 만들었으며, ‘이리안 자야’라는 이름을 붙인 것이다. 인도네시아로의 합병은 1969년 유엔에 의해 인정되었다. 자카르타 정부의 경제적 착취 및 정치적, 문화적 정책은 곧 파푸아인들의 반발을 불러일으켜 1965년 자유파푸아기구의 결성을 가져왔다.