인도네시아에서 유교는 공식적인 종교로 인정되는 데 있어서 모호한 위치를 차지해 왔으며 굴곡을 겪었다. 1963년 수카르노 대통령의 구질서 체제는 여섯 개의 공식 종교를 인정했는데, 그것은 이슬람, 힌두교, 불교, 가톨릭과 개신교 그리고 유교였다. 그러나 1979년 수하르토 대통령의 신질서 체제 하의 정부는 유교를 인정하지 않았고, 따라서 대부분의 인도네시아 유교신자들은 ‘기타’ 항목의 일부가 되거나 불교나 기독교로 등록했다.

1971년 조사에서 유교를 믿는 자의 수는 954,584명(인구의 0.8%)이었다. 2000년의 조사에서는 그동안 수 십년에 걸쳐 진행된 공인된 종교를 따르라는 (그리고 애매한 '공산주의 무신론자'가 되지 말라는) 신질서 체제 정부의 압력에 따라 오직 0.2%만 자신들의 종교를 ‘기타’라고 대답했는데, 그 중 일부만 유교신자였을 것이다.

세계 대부분의 나라들에서 유교는 종교이기 보다는 ‘신념’이나 ‘철학’으로 여겨진다. 1970년대에 유교신자들은 종교의례를 위해 함께 모여 사서(四書)를 성경처럼 묶어서 제단에 놓고, 사제(haksu)나 평신도 설교자(bunsu)에게 설교를 들으며 일종의 찬송가와 같은 노래를 불렀다. 이러한 변화는 현재 힌두교에서 나타나고 있는 변화와 비슷했으며, 부분적으로는 종교부가 이를 종교로 인정했기 때문에 가능했다. 1965년 이후 화인들에 대한 억압 정책의 일환으로 화인들의 종교성을 드러내는 것이 금지되었다. 여기에는 임렉(Imlek)이라고 불리는 중국 신년축하 행사도 금지 항목에 포함되었다.

압두라흐만 와히드(구스 두르) 대통령은 2000년 대통령령 14호에서 수하르토의 1967년 훈령을 폐기했다. 수하르토의 1967년 훈령은 중국적인 종교, 신념과 관습을 공개적으로 축하하는 것을 금지하는 것이었다. 2000년 3월 31일 내무부는 오직 다섯 개의 종교만이 인정된다고 서술한 즉 유교를 종교로 인정하지 않는 1978년의 회람을 폐기했다.

메가와티 수카르노푸트리 대통령은 2002년 임렉을 국가 공휴일로 선포했다. 2003년 유교는 종교부 회람에 의해 공식적으로 종교로 인정되었다. 그 회람은 인도네시아에는 유교를 포함한 다섯 가지 종교가 있다고 언급하고 있다. 수실로 밤방 유도요노 대통령은 2006년 2월 4일 자카르타에서 중국 신년을 축하하는 5,000명의 유교신자들에게 시민권, 국적, 종교의례 그리고 결혼과 관련된 차별이 사라져야 한다고 말했다. 같은 달, 내무부는 주지사, 행정관들 그리고 시장들에게 유교신자들에게 행정적인 서비스를 제공해 줄 것을 요청하는 회람을 돌렸다. 이것은 유교신자들이 유교식으로 결혼식을 올릴 수 있고 신분증에 종교를 유교로 표시할 수 있게 하는 것이었다. 

그 다음 달에 60세의 한데이잔토 소실로와 50세의 마리가 중부 자와의 테갈에 있는 ‘텍하이키옹’이라는 화인 절(클렝텡)에서 결혼식을 올렸다. 이 부부는 24년 동안 결혼하지 않은 채 살아왔는데 다른 종교의 방식으로 결혼식을 올리기 거부했기 때문이다. 그들은 20대가 된 두 자녀를 두고 있다. 그러나 그들의 신분증에 마리는 개신교도로, 한데이잔토는 가톨릭으로 등록되어 있다. 그들의 결혼은 클렝텡 빌딩 안에 있는 결혼등록소(Civil Marriage Register)에 등록되었다.

결혼과 신분증 관련 법의 개정에 대한 요구가 다양한 소수 종교 집단으로부터 나오고 있다. 내무부와 의회가 관련 법안 초안을 검토하고 있다. 이는 신분증에 종교적 언급을 유지한다는 2006년 11월 중엽의 의회 결정에 따른 것이다. (Inside Indonesia에 헬렌 파우사커가 쓴 글.서남포럼뉴스레터 47호, 2007/06/25의 번역본 일부 수정)