인도네시아 정부는 종교적 소수민들이 당하고 있는 차별과 폭력을 계속 보고도 못 본 체하고 있다. 인권국가위원회(Komnas HAM)의 종교 및 신앙부 코디네이터인 자야디 다마닉(Jayadi Damanik)은 인도네시아 정부가 종교적 소수민들과 기타 소수민들이 박해를 당하는 것을 알고도 방관하고 있으며 지방정부들의 차별적 규제들을 폐기하려고 하지 않는 것을 비난한다. 그는 “지방 당국들이 종교적 자유의 최악 침해자이다. 그들은 개인적인 목적과 정치적 이해관계를 위해 일한다. 차별적 규제들이 존재한다는 것은 중앙 정부가 약하다는 것을 보여준다”라고 말한다.

인도네시아의 인권옹호 그룹인 스타라연구소(Setara Institute)에 의하면, 종교적 소수민들을 차별하고 종교적 다윈주의를 위협하는 법이 인도네시아에 모두 57개나 있다. 종교적 차별의 사례를 들어보자. 서부 자와의 보고르(Bogor)에서는 2015년 10월에 시장이 이슬람 시아파의 아슈라(Ashura) 축제를 금지시켰다.

보고르에서 발생한 가장 어처구니없는 종교자유 침해의 사례 중 한 가지는 타만 야스민 교회(Taman Yasmin Church) 사태이다. 이 교회는 그 지역 이슬람주의자들의 반대로 교회 건물에 대한 허가가 취소되었다. 보고르 시 당국이 2010년에 예배 장소의 건축 허가를 취소한 이래, 그 교회의 신자들은 노천에서 예배를 드리고 있다. 그들은 2015년 12월 성탄절 이브와 성탄절 당일 예배를 수도 자카르타의 대통령궁 앞에서 드렸다. 이 예배 행사는 인도네시아 최대의 개신교 교단인 바탁 개신교교회(Batak Protestant Church: HKBP)와 연합으로 기획되고 치러졌다. 

2015년 10월에는 아체(Aceh)에서 한 무리의 무슬림들이 몇 개의 기독교 교회들을 공격하여 그 중 두 군데에 불을 질렀다. 이유는 그 예배당들이 건축 허가 없이 세워졌다는 것이다.

자야디 다마닉에 따르면, 정부가 이 모든 종교적 자유의 침해들을 종식시킬 수 있음에도 불구하고, 그것을 지역적 차원의 이슈로 간주하여 묵인하고 있다.

사실 예배 장소의 건축 허가를 위한 신청 절차는 그 자체가 종교적 소수민들에 대한 차별이다. 교회를 포함한 예배장소의 건축 허가를 받기 위해서는 최소 99명 신도들의 서명이 필요하고 최소 60명 지역 주민들과 그 지역 행정의 수장의 동의가 있어야 한다.

2015년 11월 말 인도네시아의 내무부장관은 현재 건축 관련 폭력사태를 고려하여 건축 허가의 규정을 변경할 계획이 있다고 발표했다. 이와 관련하여 그는 “사적인 견해이지만, 서명 신도 수를 완전히 없애지는 못하겠지만 줄여야 한다고 본다”라고 말했다. [AsiaNews, 2015/12/2, 2015/12/3]